Подскажите, какой самый последний build, где скачать?
Сильно ли отличается от 2000 и 98, дружнее ли он с приложениями, дружит ли со сканерами, запускаются ли диски из серии Домашняя коллекция и Музыкальные энциклопедии от KorAx?
Можно ли поставить поверх 2000? И стоит ли вообще ставить?

Самый последний билд - 4.90.3000, это финальнай релиз, который поступит в продажу 17 сентября и, по-моему, уже начал продаваться в предустановленном виде у некоторых поставщиков в Штатах.

Вообще ответы на все твои вопросы есть вот здесь:
http://winfaq.com.ru:8101/win95/winme.htm

От себя добавлю, что диски запускаться будут, со сканерами дружит, поверх 2000 ставить скорее всего нельзя, особенно если на NTFS.