Вот таскал с собой несколько Greater Soulgems заряженных и нет. И в процессе игры оные пропали. Причем абсолютно точно помню что не продавал и не выкладывал.
Из версий - или выпали при многочисленных падениях с большой высоты (в горах лазал) или украдены NPC.
Есть ли у кого то не предположения а точный ответ на вопрос как могут исчезнуть сабж из рюкзака?

Стражники арестовывали? У них в карманАх и поищи.