Лопата используется в каких-то конкретных квестах или на любой могиле? Если на любой, то как ею пользоваться - в руки не берётся, из быстрых слотов использовать не получается?

Не на любой, только на свежезакопанных - они выделяются, если навести на них курсор. Надо положить лопату в quick-slot и использовать на могиле. Также можно перенести в руку в правой части инвентаря и щёлкнуть на могиле.

А как быть с могилой пирата пита? У меня она не светится, а он дал задание раскопать и отдать кому-то там чего найду.

ares
Копать надо не могилу, а место в другом локэйшене, который он отметит на карте