вот как я этот фильм понял:
- с первой матрицой вроде все понятно: люди-живые батарейки и для повышения их КПД они помещены в виртуальную реальность, где сами того не зная вырабатывают эл. ток

Но по каким-то неизвестным причинам существуют повстанцы, вырвавшиеся из этой золотой клетки и воюющие с машинами ради всеобщего человеческого блага. Нео - избраный и в силу неизвестных особенностей его мозга и психики раскусил код основной программы (матрицы) в силу чего в виртуальном мире стал подобен бетману, людям Х или просто маленькому богу
- теперь про вторую часть. На фоне любовных переживаний и колхозного быта "нормальных" представителей человеческой рассы в г. Зионе (чего только один ритуальный танец стоит - самая что ни на есть прелюдия к групповухе

) мы узнаем следующее:
1. повстанцы (ака зионцы) появились не просто так - это часть самой матрицы (в лице программы оракула)
2. сама матрица (как программа или операционка или что-то на все это похожее) неоднородна - сущ. старые беты (призраки, вампиры, ключевых дел мастер, оракул и т.п.) и новые альфы (агент смит)

Поэтому вообще нельзя доверять никому (т.к. это в конце концов не люди, а машины и у них вообще отличные от нас цели)
3. нео - не единственный избранный (он избранный.v6 Pro) и его появление и действия также являются частью матрицы (типа раз в 4-е года високосный год

, поэтому он матрицей контролируется и "свободы выбора" нет вообще в принципе - все уже известно наперед (зион в который раз уничтожат, избранный нажмет Ctr-Alt-Del и просто перезапустит систему, при этом у системы в Биосе прописано - взять опр. количество мужчин и женщин /почему-то не попарно

- может в матрице и геи с лесбиянками предусмотрены

/ и заново создать зион) При этом избранный, как индивид расстворится в общем потоке, но его дело (служение матрице) будет и дальше "живее всех живых"... Однако ошибочка вышла - "Любовь" с большой буквы "Л". Поэтому мозги у Нео поплавились и вместо логичного выбора (минимальные жертвы для продолжения существования человеческой рассы) он стал думать не головой, а х..м

- поэтому похерил все, что можно было похерить

- а этого машины не могли предусмотреть вообще в принципе (у них даже этого "думающего" органа нет

- поэтому то, что будет дальше (матрица 3) можно только предполагать...
Могу набросать некоторые предположения.
будем исходить из следующих фактов:
- в силу особенностей человеческого мозга, психики и т.д. сущ. опр. группа людей (практически любой человек, при правильном подходе), которые становятся "читерами" и обманывают матрицу (начиная от сгибания ложек взглядом до суперменствования).
- однако оказывается, этот процесс не односторонний - т.е. во-первых, отдельные продвинутые проги самой матрицы могут замещать сознание (а, следовательно и личность) и "жить" в органическом теле человека; а во-вторых длительное читерство приводит к необратимым последствиям - даже после игры всюду мерещаться зеленые человечки и рука сама собой тянется к рейлгану

- другим языком происходит психосоматическая обратная связь (типа внушения под гипнозом), поэтому в суровой реальности у нео обнаруживаются неприсущая человеческому организму способность "метать молнии"
Один из возможных вариантов объяснения

- суровой реальности с г.Зионом не существует

- это также часть Матрицы, только на другом уровне (типа "сон во сне") - поэтому человек, как биологический вид остался только "на бумаге" - а все, что происходит - это борьба между программами

за причитающиеся по классификации свои 220В

или может за место на винте или за причитающиеся атрибуты (System, Hidden, ReadOnly)
ps сам сюжет - смесь "Город и Зведы" А.Кларка и "Футурологический конгресс" С.Лема плюс привязка к первому фильму - лично мне очень даже понравилось (только концовка - как в третьесортном бразильском сериале

)