По поводу непоняток
Тут
http://forum.ixbt.com/0015/019839-7.html говорят что матриц 2 или даже несколько, и они вложены друг вдруга. На это наводит концовка с остановкой охотников.
Да, ещё Нео получает ложку, которую надо отдать Пифии, но никакого продолжения этот артефакт не получил
Ещё ляп я похоже там нашёл, входное отверстие на затылке Нео при прохождении от корабля до лифта, таинственным образом то появляется то пропадает(хотя я не уверен , несколько темновато там было).