1. Объясни мне, зачем ты уменьшаешь (а судя по всему ты именно это и делаешь) разрешение? 640х480 тебе и нафиг не надо. К тому же окна запускают обычно в развёрнутом виде... Короче, не ищи себе дополнительных проблем на сидалищный нерв.
2. Батенька, с такими вещами надо быть знакомым по документации, а не спрашивать на форумах.
В тэгах <frame> прописываешь параметр имени (name="blahblah") индивидуальное для каждого фрэйма, после чего в ссылке одного фрейма, чтобы он ссылался на другой, прописываешь <a href="http://www.microsoft.com" target="blahblah">ссылка</a>.
4. Не понял, что ты там намудрил...
5. JA вставляются тэгами <applet></applet>. Параметры вставки и работы обычно указываются в тэге <param>, находящимся между вышеуказанными тэгами. Что там прописывать - ищи в документации к апплету.
6. Опять же: ищи документацию! Есть такое понятие: "относительные ссылки".
<a href="../doc.html"></a> - ссылка на страницу, находящуюся в каталоге выше, чем тот, где находится документ с ссылкой ("../" - подняться на каталог выше).
<a href="/folder1/folder2/doc.html"></a> - ссылка относительно корневого каталога (диска).