Igorvs
Ссылочку на сей факт от microsoft - я думаю он имел ввиду вот это :
Volumes converted from FAT to NTFS lack some performance benefits compared to volumes initially formatted with NTFS. On converted volumes, the MFT might become fragmented. In addition, on converted boot volumes, NTFS permissions are not applied after the volume is converted.
Ссылочка : Start/Help and Support
Дефраг Speed Disk-ом - и производительность придет в норму
