Я столкнулся один раз с такой проблемой и победил ее следующим образом (правда файл тот был небольшим). Обычно Ёксель предлагает обновить связи, если в файле используются ссылки на так скажем "именные" ячейки. То есть в другом файле есть ячейка, которой присвоено имя.
Я освободился от авто обновления, когда стер в КАЖДОМ листе книги ссылки на "чужие" имена - Вставка/Имя/Присвоить и в открывшемся окне удалил все "чужые" имена.
Удачи, надеюсь мой опыт поможет