А System Commander для данной ситуации не слишком круто?
Вполне достаточно сделать раздельную, DOS/Windows, загрузку. То есть config.sys начать с
[MENU]
MENUITEM=WINDOWS
MENUITEM=DOS
... ну и так далее. И для ДОСа прописать всё что нужно. Нужны будут подробности - расскажу дальше.
------------------
Поможем чем сможем...
Лучше маленький рубль, чем большое спасибо.